@aXen dzięki. Potestowałem, poczytałem i finalnie uważam, że jest to tak... (jeśli się w czymś mylę to proszę o komentarz ;])
1. Tryb designera w wersji produkcyjnej powinien być wyłączony. Jest on tylko po to, żeby w łatwy sposób móc edytować pliczki z poziomu katalogu w projekcie. Po modyfikacjach lokalnie, wyłączamy tryb designera z opcją synchronizacji. Wtedy zmiany są implementowane w bazie danych.
2. Jeśli dokonujemy zmian z poziomu edycji plików w ACP na danym szablonie, wtedy pliki również wędrują do bazy danych.
3. W trybie deweloperskim system korzysta z plików i hooków bezpośrednio z aplikacji na dysku. Natomiast w trybie produkcyjnym hooki aplikacji są zaciągane z bazy danych.
4. Mając na uwadze powyższy punkt, deployment jest realizowany na zasadzie rebuild'a/build'a w nowej wersji konkretnej aplikacji na środowisku lokalnym. Wtedy system zrzuca wszystkie pliki templatkowe do theme.xml. Następnie przy wgraniu tej paczki na produkcji, zawartość plików templatek jest wczytywana do bazy danych. I te zmiany można później zmieniać z poziomu edycji szablonów w ACP (lokalnie zmiany w szablonie przez ACP w trybie deweloperskim nie ma żadnego wpływu będąc w wersji dev i generując/pobierając paczki aplikacji).