Tak, powinny się pokrywać. Tabela members zawiera dane o użytkownikach, a profile_portal przetrzymuje ich 'ustawienia', avatary i inne takie. Jeśli usuwałeś użytkownika poprzez IP.Board to powinno też pousuwać wpisy w profile_portal. Nie uswałeś może użytkowników bezpośrednio z bazy danych? Teoretycznie możesz usunać wpisy:
DELETE FROM IP_profile_portal WHERE pp_member_id > 3463;
albo obawiam się, ze w innych miejscach (reputacja, ostrzeżenia, posty) będą wpisy o tych "usuniętych" użytkownikach i rozjedzie Ci się w innym miejscu. Najpierw dojdź do przyczyny dlaczego "niepoprawnie" zniknęło Ci prawie 2500 użytkowników - przenosiłeś bazę? Importowałeś jakiś backup? Usuwałeś użytkowników masowo przez MySQL?