Przez FTP można, ale musisz wiedzieć jak to zrobić. Klasa IPSMember ma metodę remove()
/**
* Delete member(s)
*
* @param mixed [Integer] member ID or [Array] array of member ids
* @param boolean Check if request is from an admin
* @return boolean Action completed successfully
*/
static public function remove( $id, $check_admin=true )
{
A tutaj trochę więcej informacji o możliwym sposobie tego uruchomienia: http://forum.invisionize.pl/topic/39836-wyczyszczenie-tabeli-o-znajomych/?p=243118
W Twoim przypadku wyglądało by to mniej więcej tak:
require_once './initdata.php';
require_once IPS_ROOT_PATH . 'sources/base/ipsRegistry.php';
ipsRegistry::init();
if(IPSMember::remove(/* ID */, true)) {
echo 'success';
} else {
echo 'fail';
}