No bo najlepiej jest gdy backup ftp i sql są robione w tym samym czasie. Jak sobie zrobisz backup ftp potem wgrasz na forum nowe modyfikacje, zrobisz backup sql i w razie awarii przywrócisz kopię ftp, to jasne że będą konflikty, bo będzie brakować plików modyfikacji lub nie będą się zgadzały tabele sql.
Mamy wywróżyć co jest nie tak? Możesz wgrać backup sql z okresu kiedy robiłeś backup ftp i powinno działać. Możesz też naprawiać błędy. A jeśli masz backup FTP po ataku, to możesz go przeanalizować za pomocą programu winmerge, porównać z oryginalnymi plikami IPB i sprawdzić, w których jest szkodliwy kod. Ale to już zabawa dla zaawansowanych, czasochłonna i pracochłonna.